யாழ்ப்பாண இராச்சியத்தை ஆண்ட ஆரியச் சக்கரவர்த்திகள் வம்சத்தின் முதலாவது அரசனான கூழங்கைச் சக்கரவர்த்தியின் அமைச்சனொருவனான புவனேகவாகு என்பவனால் இக் கோயில் கட்டுவிக்கப்பட்டதென யாழ்ப்பாண வைபவமாலை கூறுகிறது. இதற்கு ஆதாரமான பின்வரும் தனிப்பாடல், 16 அல்லது 17 ஆம் நூற்றாண்டில் எழுதப்பட்டதாகக் கருதப்படும் கைலாய மாலை என்னும் நூலின் இறுதியில் காணப்படுகின்றது.
| “ | இலக்கிய சகாத்தமெண்ணூற் றெழுபதாமாண்டதெல்லை யலர்பொலி மாலை மார்பனாம் புவனேகபாகு நலமிகுந்திடு யாழ்ப்பாண நகரிகட்டுவித்து நல்லைக் குலவிய கந்தவேட்குக் கோயிலும் புரிவித்தானே | ” |
ஆனால் இது 15 ஆம் நூற்றாண்டில் யாழ்ப்பாணத்தைக் கைப்பற்றி 17 ஆண்டுகள் ஆண்ட கோட்டே சிங்கள அரசின் பிரதிநிதியான, பிற்காலத்தில் சிறீசங்கபோதி எனும் பட்டத்தைக்கொண்ட புவனேகபாகு அல்லது புவனேகபாகு எனப்பெயர் கொண்டு கோட்டே அரசனான, செண்பகப் பெருமாள் என்பவனால் கட்டப்பட்டதென வேறு சிலர் கூறுகிறார்கள். இதற்கு ஆதாரமாக நல்லூர்க் கந்தசுவாமி கோயிலில் இன்றும் கூறப்பட்டுவரும் கட்டியத்தை இவர்கள் காட்டுகிறார்கள். சமஸ்கிருதத்தில் உள்ள இக் கட்டியத்தின் பகுதி பின்வருமாறு உள்ளது:
| “ | சிறீமான் மஹாராஜாதி ராஜாய அகண்ட பூமண்டலப்ரதியதி கந்தர விஸ்வாந்த கீர்த்தி சிறீ கஜவல்லி மஹாவல்லி சமேத சுப்ரமண்ய பாதாரவிந்த ஜனாதிரூட சோடச மஹாதான சூர்யகுல வம்ஸோத்பவ சிறீ சங்கபோதி புவனேகபாகு ஸமுஹா | ” |
திருவருள் பொருந்திய தெய்வயானையுடனும், வள்ளியம்மனுடனும் சேர்ந்திருக்கின்ற சுப்பிரமணியரின்திருவடிகளை வணங்குபவனும், மன்னர்களுக்கு மன்னனும், மிகுந்த செல்வங்களுடையவனும், இப் பரந்த பூமண்டலத்தில் எல்லாத்திசைகளிலும் புகழப்படுபவனும், மக்கள் தலைவனும், பதினாறு பெருந்தானங்களைச் செய்பவனும், சூரிய குலத்தில் உதித்தவனுமாகிய சிறீசங்கபோதி புவனேகவாகு... என்பது இதன் பொருள்.
முன்னரே சிறியதாக இருந்த கோயிலைத் தனது ஆட்சிக்காலத்தில் புவனேகவாகு பெருப்பித்துக் கட்டியிருக்கக் கூடும் என்பதே பொருத்தம் என்பது வேறுசிலர் கருத்து.
யாழ்ப்பாண அரசின் இறுதிக்காலத்தில் நல்லூரிலிருந்த மிகப்பெரிய கோவில் இதுவேயென்பது போத்துக்கீசருடைய குறிப்புக்களிலிருந்து தெரியவருகிறது. யாழ்ப்பாணத்தைக் கைப்பற்றிய போத்துக்கீசத் தளபதியான பிலிப்பே டி ஒலிவேரா, 1620ல் அரசின் தலை நகரத்தை யாழ்ப்பாணத்துக்கு மாற்றியபோது நல்லூர்க் கோயிலை இடித்துத் தரைமட்டமாக்கும்படி உத்தரவிட்டான். இதிலிருந்து பெறப்பட்ட கற்கள் யாழ்ப்பாணத்தில் புதிய கோட்டை கட்டுவதில் பயன்பட்டதாகத் தெரிகின்றது. இது இருந்த இடத்தில் போத்துக்கீசர் சிறிய கத்தோலிக்க தேவாலயமொன்றை அமைத்ததாகத் தெரிகிறது. பின்னர் ஒல்லாந்தர்இதனைத் தாங்கள் சார்ந்த புரட்டஸ்தாந்த கிறிஸ்தவ தேவாலயமாக மாற்றினார்கள். இன்றும் இவ்விடத்தில் பிற்காலத்தில் பெரிதாகத் திருத்தியமைக்கப்பட்ட கிறிஸ்தவ தேவாலயமே காணப்படுகின்றது.
ஒல்லாந்தர் ஆட்சிக்காலத்தின் (1658–1798) இறுதி ஆண்டுகளில் இந்துக் கோயில்கள் அமைப்பது தொடர்பாக ஆட்சியாளர்களின் இறுக்கம் ஓரளவு தளர்ந்தபோது, நல்லூர் கந்தசுவாமி கோயில் மீள அமைக்கப்பட்டது. முன்னைய இடத்தில் கிறிஸ்தவ தேவாலயம் இருந்தபடியால் இன்னொரு இடத்தில் கோயிலை அமைத்தார்கள்.
மடாலயம் போல் காட்சியளித்துக் கொண்டிருந்த இவ்வாலயத்தை, ஆகமம் சார்ந்த கிரியை முறைக்கும், சிற்ப சாத்திர விதிக்கமைந்த கட்டட முறைக்கும் மாற்றியமைத்து, இன்றைய நிலைக்குக் கொண்டுவர வித்திட்டவர் ஆறுமுக நாவலர் ஆவார். அவரைத் தொடர்ந்து, அவரது மாணவர்கள் இவ்வாலய வளர்ச்சியில் மிகுந்த ஈடுபாடு காட்டினார்கள்.
